自动化技术系设有智能控制技术专业与工业过程自动化技术专业。其中，智能控制技术专业是中国特色高水平高职院校和专业建设计划A档—专业群骨干专业。工业过程自动化技术专业是江苏省重点专业群骨干专业。系部专业聚焦智能设备信息融合、智能制造数字化管控，顺应国家政策积极引导制造业转型升级趋势，紧贴长三角及江苏省智能制造业人才需求，契合我校发展规划。自动化技术系专业毕业生深受市场青睐，专转本升学率高，优秀毕业生众多。